1. Le musée des beaux-arts et d'archéologie de la ville de Troyes en Champagne-Ardenne, officiellement appelé musée Saint-Loup, est le principal musée d'art et d'archéologie de la ville avec le musée d'art moderne. Il est abrité depuis 1830 dans l'ancienne abbaye Saint-Loup, édifiée aux XVIIe et XVIIIe siècles.
2. Le musée des Beaux-Arts et d'Archéologie, à Besançon, est l'un des plus anciens musées publics de France, labellisé « Musée de France ». Il a été créé en 1694, soit près d'un siècle avant le musée du Louvre.
3. Le musée des Beaux-Arts et d'archéologie de Dole dans le Jura, est un musée des beaux-arts et d'archéologie fondé en 1821 et labellisé Musée de France. Il est installé depuis 1980, dans le pavillon des officiers (exemple d'architecture militaire comtoise du XVIIIe siècle) de l'ancien château de Dole.
