Lewis Alan Reed naît dans le quartier de Brooklyn à New York dans une famille juive. Lou Reed est le fils de Sidney George Reed, un comptable effacé de Manhattan qui a fait changer son nom, Rabinowitz , en Reed , et de Toby Futterman Reed, une mère à la forte personnalité de Brooklyn. Tous deux juifs new-yorkais, ils vivent à Freeport, Long Island, dans la banlieue conformiste de New York. Lou a une soeur cadette plus jeune de 5 ans, Margaret (Merrill) Reed Weiner. Lou Reed étudie le piano dès l'âge de cinq ans. Mais il se passionne pour le rock 'n' roll, le doo-wop, la littérature notamment la poésie (celle de Delmore Schwartz, son maître), le modern jazz et le free jazz en particulier (Don Cherry et Ornette Coleman, notamment) et préfère la guitare, qu'il apprend en copiant les disques de sa collection. En 1958, il coécrit et enregistre, en tant que guitariste, un 45 tours So Blue dans le style doo-wop au sein d'un groupe initialement appelé The Shades, rebaptisé The Jades par la suite.
